Polysome-seq
产品介绍
服务介绍
核糖体是大部分细胞中体积最大的大分子之一，密度较高，基于这些特点，Polysome-seq利用蔗糖梯度超速离心法可分离游离、结合40S核糖体小亚基、结合60S核糖体大亚基或结合单/多个核糖体的mRNA分子。将上述感兴趣的各个组分的溶液进行浓缩、提取RNA，然后通过高通量测序分析，能有效地分析翻译组，如翻译效率、非编码RNA的翻译或与翻译调控高度相关的非翻译区（UTRs），有利于研究从RNA到蛋白之间的翻译水平调控机制。
Polysome profiling实验流程概要（source：Su D, et al., 2024）
技术应用
① 准确检测蛋白翻译效率；
② 分析目标RNA降解、翻译起始和抑制等机制，研究翻译调控与基因表达；
③ 挖掘潜在翻译的非常规RNA，如lncRNA、circRNA的翻译。
技术优势
① 直观反映翻译状态：Polysome profiling技术能够直观地反映细胞和组织内的翻译状态，通过分析不同组分中mRNA的分布，可以了解特定mRNA的翻译活跃程度；
② 有助于理解翻译动态变化：Polysome profiling能够检测翻译中发生巨大变化的RNA，结合测序技术，有助于理解在不同生理或病理状态下翻译动态的变化。
测序方案
测序平台：Illumina HiSeq X10
测序模式：PE150
测序数据量：10G
七辰翻译组技术服务内容
Polysome Profiling图谱示例
| 特点 | Polysome profiling/Polysome-seq | Ribo-seq | RNC-seq | RDisome-seq | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mRNA长度 | 全长 | 核糖体保护片段区域 | 全长 | 双核糖体保护片段区域 | |||||||||
| 翻译中RNA回收难度 | 难 | 难 | 易 | 难 | |||||||||
| 起始量 | 多 | 多 | 少 | 多 | |||||||||
| 测序方法 | Microarray/NGS | NGS | Microarray/NGS | NGS | |||||||||
| 测序长度 | 任意 | 22-35 nt | 任意 | 约54-68 nt | |||||||||
| 检测序列变异 | √ | × | √ | × | |||||||||
| UTR | √ | × | √ | × | |||||||||
| 检测核糖体位置、密度、ORF、uORF | × | √ | × | √ | |||||||||
| 每条mRNA上核糖体数目 | √ | × | √ | × | |||||||||
| 技术难点 | 离心，梯度液分离，RNA 回收 | 酶切条件 | RNC-mRNA 易断裂 | 酶切条件 | |||||||||
| 生理条件 | √ | × | √ | × | |||||||||
| 七辰服务项目 |
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Ribo-seq测序分析 | RNC-seq测序分析 |
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案例解析
翻译组重构控制饮食及其对肿瘤发生的影响
标题：Remodelling of the translatome controls diet and its impact on tumorigenesis
翻发表期刊：Nature
发表时间：2024年8月14日
利用高通量测序技术（PolyRibo-seq），分析小鼠模型肝脏在禁食状态下的翻译组变化。使用肝脏组织样本进行多聚核糖体超速离心分级分离，得到含有不同数量核糖体的mRNA。将分离出的mRNA进行纯化，并用于建文库测序。研究显示在禁食期间，全局翻译下降，肝脏细胞选择性地重构翻译组。
c. 蔗糖梯度分离喂食和禁食24 h的WT肝裂解物的代表性多聚核糖体图谱。无翻译或低翻译部分(2-7)和多聚核糖体部分(8-13)用于PolyRibo-seq；
d. 空腹时转录本翻译效率(TE)的log2倍变化(FC)火山图。红点表示翻译水平显著上调的基因；
e. 以Wiki通路为基础，富集了翻译显著上调的基因；
f：在喂食和禁食的WT肝脏蔗糖梯度部分，指示mRNA分布的百分比。
结果展示
基础分析
原始数据质控评估
基于基因表达的样品主成分分析
差异基因表达及相关通路富集分析
circRNA预测及鉴定
circRNA差异分析
差异circRNA宿主基因的通路富集分析
差异circRNA的靶向miRNA预测分析
长链非编码RNA差异分析
高级分析
差异长链非编码RNA的调控基因的通路富集分析
circRNA及靶向miRNA网络调控
部分结果展示
polysome profiling 实验图谱
显著性差异表达基因热图
比较差异表达基因火山图
GO 功能分析
KEGG 富集分析
送样建议
Polysome profiling原始样本送样建议
| 送样类型 | 送样量 | 备注 |
|---|---|---|
| 细胞（细胞数） | ≥ 1×10^7 | 无支原体污染 |
| 动物组织 | ≥ 300 mg | 无 |
| 植物组织 | ≥ 500 mg | 无 |
*翻译组测序的细胞样本处理方法和转录组测序不一样，具体处理、保存和运输方法请咨询技术支持。
物种范围：人、小鼠、大鼠等，其他物种请详询销售或技术支持。